首先我不知道你通过什么方式可以自学MIT的本科CS课程,据我了解是没有渠道完成的。最多也就是通过Coursera选课或者通过summer school的形式上几门课,至于你说的全部课程这个通常是没办法自学完成的。
再来说说申请美国CS硕士的事情,一般情况下没有四年CS本科的学习是没有资格申请的,更何况你说的名校,对学生的要求会更高。所以我觉得你的方法可行性很小,除非你重新先去国外读个本科,但是目前这种情况也不建议。一个是你没有这方面的计划,二个是就算能申到,签证也很难通过。
所以你的想法只能说试试看吧,先找到如何自学CS课程并且可以提供成绩单和相关证明的材料,然后再来考虑申请读研的事情吧。